Pembentukan Badan Karantina Ikan dan Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan merupakan simplifikasi dari pelaksanaan implementasi peraturan perundangan, tugas pokok dan fungsi, visi dan misi, birokrasi dan orientasi pelayanan dari dua institusi yaitu Karantina Ikan dan Laboratorium Pembinaan dan Pengujian Mutu Hasil Perikanan. Dilatar belakangi masih terdapatnya permasalahan dalam kegiatan ekspor hasil perikanan yang menyangkut aspek persyaratan negara tujuan ekspor dalam hal mutu, lemahnya pengawasan dan pengendalian mutu produk perikanan tujuan ekspor yang berdampak masih terdapatnya penolakan produk perikanan asal Indonesia oleh negara tujuan, diperlukan langkah dan strategi untuk menciptakan sinergitas dua institusi yang mempunyai tugas pokok dan fungsi yang masing-masing berorientasi kepada keamanan pangan, perlindungan sumberdaya, pelayanan kepada masyarakat dan merupakan bagian dari sistem perdagangan, menjadi satu organisasi sebagai bentuk yang dianggap ideal guna mengembang misi dan tugas yang semakin berkembang.
Provinsi Maluku merupakan wilayah kepulauan yang terdiri dari pulau besar dan pulau kecil yang tersebar dari wilayah paling Timur mendekati Provinsi Papua Barat dan di sebelah selatan yang mendekati Provinsi Nusa Tenggara Timur. Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Ambon, awalnya adalah wilayah kerja dari Stasiun Karantina Ikan Makasar sejak Tahun 1993 sampai dengan Tahun 2002, seiring dengan perkembangan organisasi berganti nama menjadi Pos Karantina Ikan Pattimura Ambon dari Tahun 2002 sampai Tahun 2005. Kemudian dari Post Karantina Ikan Pattimura Ambon, berdirilah sebuah Unit Pelakasana Teknis baru yang memberi warna dibidang pengawasan dan pencegahan Hama Penyakit Ikan Karantina (HPIK) di Provinsi Maluku, itulah Stasiun Karantina Ikan Kelas II Pattimura Ambon.
Pada Tahun 2017 sesuai Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor : 54/MEN/2017 Tentang Organisasi dan Tata Kerja unit pelaksana Teknis Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan. Maka Stasiun Karantina Ikan Kelas II Pattimura Ambon berganti nama menjadi Stasiun Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kelas I Ambon yang dibawahi oleh Kepala Stasiun eselon IV.a dan tiga eselon V.a terdiri dari Kepala Urusan Tata Usaha, Kepala Sub Seksi Tata Pelayanan serta Kepala Sub Seksi Pengawasan Data dan Informasi. Dan yang menjadi cikal bakal terbetuknya Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Ambon (Balai KIPM Ambon) adalah dengan terbitnya Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor : 92/PERMEN-KP/2020 tentang organisasi dan tata kerja unit pelaksana Teknis Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan.
Demikianlah cikal bakal berdirinya Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Ambon hingga saat ini. Semoga dengan hadirnya Balai KIPM Ambon diprovinsi Maluku yang saat ini telah memiliki 6 (enam) Wilayah Kerja, yaitu : Wilayah Kerja Namlea (Kab. Buru), Wilayah Kerja Tual (Kota Tual), Wilayah Kerja Saumlaki (Kab. Kepulauan Tanimbar), Wilayah Kerja Dobo (Kab. Kepulauan Aru) dan 2 (dua) Wilayah Kerja yang berada di Kota Ambon, yaitu : Wilayah Kerja Bandara Pattimura Ambon dan Wilayah Kerja Pelabuhan Laut Yos Sudarso Ambon, diharapkan dapat melaksanakan tupoksi dan menjadi kepanjagan tangan dari Badan Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Kementerian Kelautan dan Perikanan.